Tras dos temporadas de transición bajo las órdenes de Joaquín Caparrós, llega al banquillo Miguel Ángel Lotina, con el que se logra en la Copa Intertoto la clasificación para jugar por quinta vez la Copa UEFA y se inicia un nuevo proyecto de reestructuración deportiva que pasó necesariamente por la mejora de la cantera (más de 15 canteranos se han estrenado en partidos bajo su mandato). Tras altibajos recuperó antiguas glorias cuando tras el establecimiento de la Premier League -en la cual debutó un año después de su establecimiento-, comenzó una racha de buenas campañas en las que logró dos subcampeonatos y dos terceros puestos.
